O PEI oferece três cursos de pós-graduação Stricto Sensu: Mestrado Acadêmico e Doutorado, bem como Mestrado Profissional, todos com conceito 5 da CAPES. Desta forma, é recomendado como “Muito Bom” e coloca-se dentre os 30% no país com conceito 5 ou superior. O Programa possui duas características marcantes: a natureza integradora dentro das engenharias e o direcionamento de trabalhos voltados à área industrial.